Sprzedaż budynków, budowli lub ich części dokonywana po upływie co najmniej dwóch lat od pierwszego zasiedlenia co do zasady korzysta ze zwolnienia z VAT. Dla wielu podatników zwolnienie nie jest jednak najbardziej atrakcyjnym rozwiązaniem. Skorzystanie ze zwolnienia może bowiem oznaczać obowiązek korekty wcześniej odliczonego podatku po stronie sprzedającego, natomiast po stronie nabywcy często prowadzi do opodatkowania transakcji PCC, który stanowi realny koszt inwestycji i w przeciwieństwie do VAT nie podlega odliczeniu.

Dlatego art. 43 ust. 10 ustawy o VAT przewiduje możliwość rezygnacji ze zwolnienia i wyboru opodatkowania VAT. Obecnie jest to znacznie prostsze niż przed październikiem 2021 r. Wcześniej strony musiały złożyć odpowiednie oświadczenie naczelnikowi urzędu skarbowego przed transakcją. Od 1 października 2021 r. ustawodawca dopuścił również możliwość złożenia takiego oświadczenia bezpośrednio w akcie notarialnym.

Mogłoby się wydawać, że zmiana miała zakończyć wieloletnie spory dotyczące tej instytucji. Tymczasem najnowszy wyrok NSA z 23 czerwca 2026 r. (I FSK 1442/23) pokazuje, że problem nadal pozostaje aktualny. Co więcej, rodzi pytanie o to, jaką rolę należy przypisywać rzeczywistej woli stron transakcji, a jaką formalnym wymogom przewidzianym przez ustawodawcę.

Jaka była wola stron?

Sprawa rozpoznawana przez NSA nie była typowym przypadkiem, w którym strony próbowały po fakcie zmienić sposób rozliczenia transakcji.

Przeciwnie, podatnik wskazywał szereg okoliczności mających świadczyć o tym, że od początku zamiarem uczestników było opodatkowanie dostawy VAT. W szczególności podnoszono, że sprzedający wcześniej sam zrezygnował ze zwolnienia przy nabyciu nieruchomości, wystawił fakturę VAT dokumentującą aport, wykazał podatek należny, a nabywca ujął fakturę w rejestrach zakupowych i wystąpił o zwrot podatku. Dodatkowo charakter działalności spółki ujawniony w umowie spółki i KRS wskazywał, że nieruchomości miały służyć działalności opodatkowanej. Jedyną przyczyną braku formalnego oświadczenia miało być zwykłe przeoczenie.

Argumentacja podatnika opierała się więc w dużej mierze na wykazaniu zgodnej i niebudzącej wątpliwości woli stron. Innymi słowy, spółka próbowała przekonać sąd, że całokształt okoliczności towarzyszących transakcji pozwala stwierdzić, iż strony faktycznie wybrały opodatkowanie, mimo że nie dopełniły wszystkich wymogów formalnych. Podatnik argumentował również, że odmowa uznania skuteczności wyboru opodatkowania prowadzi do naruszenia zasady neutralności VAT. Wskazywał, że zarówno sprzedający, jak i nabywca od początku traktowali transakcję jako opodatkowaną – wystawiono fakturę z wykazanym podatkiem, sprzedający rozliczył VAT należny, a nabywca wykazał VAT naliczony do odliczenia. W ocenie podatnika brak prawa do odliczenia wynikający wyłącznie z niedopełnienia formalnego wymogu pozostawał w sprzeczności z fundamentalną dla systemu VAT zasadą neutralności.

NSA skupił się jednak na czymś innym

To właśnie ten element czyni wyrok szczególnie interesującym.

Można się było spodziewać, że NSA odniesie się szerzej do pytania, czy z dokumentacji transakcyjnej i zachowania stron można wywieść oświadczenie o wyborze opodatkowania. Tym bardziej, że podobne zagadnienia pojawiały się już wcześniej w orzecznictwie.

Sąd obrał jednak inny kierunek. Głównym problemem nie stała się analiza zgodnej woli stron, lecz kwestia charakteru terminu przewidzianego w art. 43 ust. 10 ustawy o VAT. NSA skoncentrował się na odpowiedzi na pytanie, czy możliwe jest de facto przywrócenie terminu do złożenia oświadczenia o wyborze opodatkowania po dokonaniu transakcji.

W ustnym uzasadnieniu sąd podkreślił, że przepis jest prosty i wymaga jedynie złożenia oświadczenia przed dokonaniem dostawy albo najpóźniej w akcie notarialnym dokumentującym transakcję. Jak wskazał NSA, nie jest to obowiązek „trudny do spełnienia, niezrozumiały czy nadmiernie uciążliwy”. Zdaniem sądu termin ten pełni funkcję porządkującą i pozwala jednoznacznie ustalić, czy strony wybrały opodatkowanie czy też korzystają ze zwolnienia.

Konsekwencją takiego podejścia było uznanie, że termin ma charakter materialnoprawny i nie może zostać skutecznie przywrócony po dokonaniu transakcji.

Sądy nie zawsze wymagają „ustawowej formułki”

Wątpliwości dotyczące znaczenia formalnych wymogów przy wyborze opodatkowania VAT nie pojawiły się dopiero na kanwie najnowszego wyroku NSA. W dotychczasowym orzecznictwie można znaleźć rozstrzygnięcia, w których sądy były skłonne przywiązywać większą wagę do rzeczywistej woli stron niż do literalnego brzmienia oświadczenia.

Interesująco wygląda zestawienie najnowszego wyroku NSA z orzeczeniem WSA w Bydgoszczy z 9 października 2024 r. (I SA/Bd 419/24, nieprawomocne).

W tamtej sprawie sąd analizował sytuację, w której w akcie notarialnym brakowało literalnego oświadczenia o rezygnacji ze zwolnienia. Jednocześnie z treści aktu wynikało, że strony traktowały transakcję jako opodatkowaną VAT – wskazano kwotę podatku, określono cenę brutto, nie pobrano PCC, a następnie wystawiono fakturę VAT.

WSA uznał, że przepisy nie wymagają stosowania konkretnej formuły słownej. Kluczowe znaczenie ma natomiast to, czy z treści aktu można wywieść jednoznaczną wolę opodatkowania transakcji. Co istotne, w sprawie rozpoznawanej przez NSA również występowały okoliczności mogące świadczyć o zamiarze opodatkowania transakcji. Różnica polega jednak na tym, że NSA nie skoncentrował się na ocenie tych okoliczności, lecz na skutkach niezachowania terminu do złożenia oświadczenia.

Na tym tle najnowszy wyrok NSA nie tyle zaprzecza stanowisku WSA, ile akcentuje inny problem.

Czy NSA rzeczywiście odrzucił wcześniejsze liberalne podejście?

Taki wniosek byłby przedwczesny. Na obecnym etapie dysponujemy wyłącznie ustnym uzasadnieniem wyroku, a pełniejsza ocena znaczenia tego rozstrzygnięcia będzie możliwa dopiero po publikacji pisemnego uzasadnienia wraz z treścią zarzutów skargi kasacyjnej. Warto pamiętać, że NSA rozpoznaje sprawę w granicach skargi kasacyjnej i jest związany podniesionymi w niej zarzutami. Nie można więc wykluczyć, że sposób ich sformułowania spowodował przesunięcie środka ciężkości sporu z zagadnienia rzeczywistej woli stron na kwestię skutków uchybienia terminowi do złożenia oświadczenia.

Z tego względu bardziej ostrożna wydaje się teza, że NSA nie tyle odrzucił dotychczasową linię orzeczniczą dopuszczającą poszukiwanie zgodnej woli stron w treści aktu notarialnego i innych dokumentach transakcyjnych, ile skoncentrował się na innym problemie – skutkach niedochowania terminu, który uznał za materialnoprawny. Odpowiedź na pytanie, czy sąd świadomie zdystansował się od wcześniejszego, bardziej liberalnego podejścia, prawdopodobnie przyniesie dopiero lektura pisemnego uzasadnienia wyroku.

Czy brakujące oświadczenie można dopisać później?

W praktyce podatnicy niekiedy próbują ratować sytuację poprzez sporządzenie aneksu do aktu notarialnego albo sprostowanie go w trybie oczywistej omyłki. Argument jest przy tym zazwyczaj podobny – strony od początku zamierzały opodatkować transakcję, a brak odpowiedniego oświadczenia wynikał wyłącznie z przeoczenia.

Takie podejście nie spotyka się jednak z entuzjazmem organów podatkowych. W wydawanych interpretacjach podkreślają one, że późniejsze uzupełnienie aktu notarialnego o oświadczenie o rezygnacji ze zwolnienia nie prowadzi do skutecznego wyboru opodatkowania. Zdaniem organów wymogi wskazane w art. 43 ust. 10 ustawy o VAT powinny zostać spełnione w sposób i terminie określonym przez ustawodawcę, a późniejsze działania stron nie mogą usunąć skutków ich niedochowania.

Choć NSA w wyroku I FSK 1442/23 nie zajmował się bezpośrednio problemem sprostowania aktu notarialnego, trudno nie zauważyć, że przyjęta przez sąd argumentacja może wzmacniać stanowisko organów podatkowych. Skoro bowiem termin na złożenie oświadczenia został uznany za termin materialnoprawny, to późniejsze próby „dopisania” brakującego elementu do dokumentacji transakcyjnej mogą okazać się niewystarczające.

Co to oznacza dla podatników?

Najnowszy wyrok NSA potwierdza, że sąd bardzo rygorystycznie podchodzi do terminu przewidzianego w art. 43 ust. 10 ustawy o VAT. Nie oznacza to jednak automatycznie, że NSA definitywnie odrzucił wcześniejsze orzecznictwo dopuszczające poszukiwanie zgodnej woli stron w treści aktu notarialnego i innych dokumentach towarzyszących transakcji. Więcej na temat rzeczywistego zakresu rozstrzygnięcia będzie można powiedzieć dopiero po publikacji uzasadnienia pisemnego oraz analizie zarzutów skargi kasacyjnej.

Już dziś można jednak wskazać jeden praktyczny wniosek. Nawet jeżeli część sądów dopuszcza możliwość wywodzenia zgodnej woli stron z całokształtu okoliczności transakcji, podatnicy nie powinni traktować tego jako alternatywy dla prawidłowego sformułowania oświadczenia w akcie notarialnym. Liczenie na to, że organ podatkowy lub sąd odczyta zamiar opodatkowania z innych postanowień aktu, może oznaczać wieloletni spór dotyczący prawa do odliczenia VAT, obowiązku zapłaty PCC czy rozliczeń obu stron transakcji.

Z ostrożności warto więc zadbać o to, aby w akcie notarialnym znalazło się pełne i jednoznaczne oświadczenie o rezygnacji ze zwolnienia oraz wyborze opodatkowania VAT. W świetle dotychczasowego orzecznictwa może się bowiem okazać, że wykazanie rzeczywistej woli stron jest możliwe, ale z pewnością nie jest ani szybkie, ani proste, a pozytywne rozstrzygnięcie wcale nie jest gwarantowane.