Ministerstwo Finansów, wbrew wcześniejszym zapowiedziom, zaplanowało wdrożenie KSeF w dwóch etapach: od lutego 2026 r. dla podatników, którzy w poprzednim roku podatkowym osiągnęli obrót powyżej 200 mln zł, a od kwietnia 2026 r. dla pozostałych podmiotów. Minister Finansów na briefingu prasowym podkreślił, że w architekturze systemu wykryto tak dużo nieprawidłowości, że prace nad nim w zasadzie należy zacząć od początku. Nie powinno to jednak wpłynąć na ostateczny kształt systemu.