Precedensowy wyrok w sprawie zwrotu nadpłaty dla spółki holdingowej

Dziś, 17 grudnia 2025 r., zapadł bardzo ważny, bo precedensowy, wyrok w sprawie naszego klienta dotyczącej zwrotu nadpłaconego podatku dochodowego od sprzedaży udziałów w spółce zależnej.

Historia zaczęła się w połowie 2023 roku, kiedy nasz klient – spółka holdingowa, sprzedał udziały w spółce zależnej. W tamtym czasie obowiązywała niekorzystna interpretacja przepisów: fiskus twierdził, że aby skorzystać ze zwolnienia z podatku, trzeba było posiadać udziały przez dwa lata liczone od 1 stycznia 2022 r. W efekcie klient uznał, że nie spełnia warunków i nie złożył wymaganego oświadczenia o zamiarze skorzystania ze zwolnienia.

Kilka miesięcy później interpretacja zmieniła się na korzystniejszą dla podatników. Przy składaniu rocznej deklaracji klient doszedł do wniosku, że został niesłusznie pozbawiony prawa do zwolnienia. Wystąpiliśmy więc o zwrot nadpłaty, argumentując m.in., że podatnik powinien być chroniony, gdy działa w zaufaniu do utrwalonej praktyki organów podatkowych. Podnieśliśmy też kwestie konstytucyjnych gwarancji ochrony praw podatnika.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie przyznał nam rację. Uchylił decyzje organów podatkowych i stwierdził, że klient ma prawo do zwolnienia, nawet jeśli nie złożył oświadczenia w terminie. Co więcej, sąd uznał, że obowiązek składania takiego oświadczenia był nieproporcjonalny i słusznie został niedawno usunięty z przepisów.

Wyrok jest nieprawomocny (sygn. akt: III SA/Wa 2081/25), ale jego uzasadnienie jest bardzo mocne i może mieć znaczenie dla innych podobnych spraw.

Sprawę prowadzili: Patrycja Goździowska, Tomasz Burczyński i Krystian Trzciński.